Приборно-агрегатный отсек (ПАО) массой 2,7 – 2,8 т предназначен для размещения аппаратуры и оборудования основных систем КК, обеспечивающих орбитальный полет. Он состоит из переходной, приборной и агрегатной секций. В переходной секции, выполненной в виде ферменной конструкции, соединяющей СА с приборной секцией, установлено 10 двигателей причаливания и ориентации с тягой 100 Н каждый, топливные баки и система подачи однокомпонентного топлива (перекиси водорода). Герметичная приборная секция объемом 2,2 м³, выполненная из алюминиевого сплава, имеет форму цилиндра диаметром 2,1 м, высотой 0,5 м с двумя съемными крышками. В приборной секции размещены приборы систем ориентации и управления движением, управления бортовым комплексом аппаратуры и оборудования КК, радиосвязи с Землей и программно-временного устройства, телеметрии, единого электропитания. Корпус агрегатной секции выполнен также из алюминиевого сплава в виде цилиндрической оболочки диаметром 2,1 м, переходящей в коническую и заканчивающейся базовым шпангоутом (диаметр 2,72 м), предназначенным для установки КК на РН. Снаружи агрегатной секции расположен большой радиатор-излучатель системы терморегулирования, 4 двигателя причаливания и ориентации с тягой 100 Н каждый, 8 двигателей ориентации с тягой 10 – 14,7 Н каждый. В агрегатной секции размещена сближающее-корректирующая двигательная установка КТДУ-35, состоящая из основного и дублирующего двигателей с тягой по 4,1 кН, топливных баков и системы подачи двухкомпонентного топлива. Около базового шпангоута установлены антенны радиосвязи и телеметрии, ионные датчики системы ориентации и часть батарей системы единого электропитания корабля. СБ (на КК, используемых в качестве транспортных КК для обслуживания ОС «Салют», не устанавливаются) выполнены в виде двух «крыльев» из 3 – 4 створок каждое. На концевых створках СБ размещены антенны радиосвязи, телеметрии и цветные бортовые огни ориентации (в эксперименте по программе ЭПАС).