Приборно-агрегатный отсек (максимальный диаметр 2,72 м, длина 3,1 м) предназначен для размещения аппаратуры и оборудования основных систем; состоит из переходной, приборной и агрегатной секций. Переходная и агрегатная секции близки по конструкции (геометрическими параметрами, материалам, технологии изготовления и т.д.) и аналогичны секциям КК «Союз». В переходной секции расположены баки, баллоны наддува, пневмогидроавтоматика системы РД причаливания и ориентации, 10 РД причаливания. Герметичная приборная секция имеет форму цилиндра диаметром 2,1 м длиной 1,1 м (в 2 раза больше по объему, чем приборная секция КК «Союз»). В ней размещены приборы системы ориентации и управления движением, сближения и стыковки, управления бортовым комплексом, радиосвязи с Землей, радиотелеметрии, электропитания, блоки программно-временного устройства, элементы автоматики системы перекачки топлива. В агрегатной секции размещается сближающе-корректирующая ДУ (аналогичная применяемой на КК «Союз»), 4 РД причаливания, 8 РД ориентации, топливные баки с системой подачи топлива. На внешней поверхности агрегатной секции установлен радиатор системы терморегулирования.